1963년 1월 21일 보물 제324호로 지정되었다가 2001년 4월 17일 국보 제304호로 승격 지정되었다. 건물이 있는 자리는 충무공(忠武公) 이순신(李舜臣)이 전라좌수영(全羅左水營)의 본영으로 사용하던 곳인데 당시에는 진해루라는 누각이었다. 진해루가 정유재란 때 일본군에 의해 불에 타 소실되자 1599년(선조 32) 삼도 수군 통제사 겸 전라 좌수사로 부임한 이시언(李時言)이 전라좌수영 건물로 75칸의 거대한 객사를 지어 진남관이라 이름 짓고 수군의 중심기지로 사용하였다. 후에는 역대 임금의 궐패(闕牌)를 봉안하고 군수가 망궐례를 올렸으며 국경일에는 군민들이 모여 봉도식(奉道式)을 거행하였다.

1716년(숙종 42) 불에 타버린 것을 1718년 전라 좌수사 이제면(李濟冕)이 다시 건립하였다. 1910년(순종 4)부터 50여 년 동안 여수공립보통학교와 여수중학교, 야간상업중학원 등의 교실로도 사용되었다.

정면 15칸, 측면 5칸, 건평 240평(약 780㎡)의 단층 팔작지붕으로 된 거대하고 웅장한 건물로, 현존하는 지방 관아 건물로는 제일 크다. 높은 언덕 위에 계좌정향(癸坐丁向)으로 자리잡고 있으며, 사괴석(四塊石)과 장대석(長臺石)을 섞어 쌓은 기단 위에 막돌로 주춧돌을 놓고 둘레 2.4m의 민흘림기둥을 세웠다. 평면 전체가 통칸으로 뚫려 있고 벽체도 없으며 창호도 달지 않았다.

처마는 부연(附椽)을 단 겹처마이며, 팔작지붕의 양측 합각은 널빤지로 마무리하였고 추녀 네 귀는 활주로 떠받쳤다. 바닥은 우물마루이고 천장은 서까래가 노출된 연등천장[椽背天障]이다.

가구는 간결하면서도 건실한 부재를 사용하여 건물이 웅장해 보인다. 공포는 기둥 위에만 배치하고 그 사이사이에는 화려한 화반(花盤)을 받쳤는데, 주심포(柱心包)와 다포식(多包式)을 절충한 양식이다. 평면은 68개의 기둥으로 구성되었는데 건물 내부 공간을 크게 하기 위해 동·서쪽 각각 두 번째 협칸의 전면 내진주(內陳柱)를 옮겨서 내진주 앞쪽에 고주(高柱)로 처리하여 공간의 효율성을 살렸다. 각 부재에는 당시의 단청 문양이 대부분 잘 남아 있다. 당시의 역사적 의의와 함께 학술적·예술적 가치가 뛰어난 건물이다.