대한불교조계종 제24교구 본사인 선운사의 말사이다. 644년(의자왕 4)에 신라의 자장이 창건하였다고 전한다. 1653년(효종 4)에 성오와 상유가 중창하고, 1764년(영조 40)에 신화와 쾌영이 중수하였다. 1835년(헌종 1) 우홍이 다시 중건하였다. 1989년에는 칠성각을 지었으며 1997년 고창군의 지원을 받아 한산전을 해체 복원하고, 범종각과 범종을 조성하였다.

창건 설화에 따르면, 자장이 당나라에서 귀국하는 길에 이곳을 지나는데 당나라에서 수행하였던 청량산과 같은 느낌을 받아 이곳 석굴에서 7일 동안 정성껏 기도를 드렸는데, 땅 속에서 문수보살이 나오는 꿈을 꾸어 그곳을 파보니 커다란 문수보살입상이 나왔다고 한다. 그래서 이곳에 절을 세우고 문수사라 이름 지었다고 한다. 그러나 당시 이곳은 백제의 영토에 속하였고 백제와 신라가 심하게 대립하던 시기였으므로 신빙성이 없다.

현존하는 건물로는 대웅전(전북유형문화재 51), 문수전(전북유형문화재 52), 명부전, 나한전, 누각, 요사, 산문 등이 있다.