대한불교조계종 제9교구 본사인 동화사(桐華寺)의 말사이다. 사적기에 의하면 804년(애장왕 5) 심지왕사(心地王師)가 창건하였고, 1605년(선조 38) 계관(戒寬)이 중창하였으며, 1695년(숙종 21) 현응(玄應)이 삼창하였다.

현응은 숙종의 부탁에 따라 세자의 잉태를 기원하며 농산(聾山)과 함께 백일기도를 하였는데, 백일기도가 끝나는 날 농산은 숙빈 최씨에게 현몽하고 세자로 다시 태어났다고 한다. 이 세자가 후에 영조로 즉위한다. 이때 숙종은 현응의 공을 높이 사서 파계사를 중심으로 둘레 40리에 걸쳐 나라에 내는 세금을 파계사에서 거두어 들이라는 명을 내렸다.

그러나 현응은 이를 거절하고 선대 임금의 위패를 모시게 하여 달라고 청원하여 경내에 기영각을 짓고 선조·숙종·덕종·영조 네 분의 위령을 모심으로써 지방 유생들의 행패를 막을 수 있었다. 그때 세워진 대소인개하마비(大小人皆下馬碑)가 현재의 사적비 부근에 있으며, 전생에 농산화상이었던 영조가 11세에 썼다는 ‘玄應殿(현응전)’이라는 현판이 지금까지 성전암(聖殿庵) 법당에 걸려 있다.

또한, 1979년 6월 파계사 법당의 관음보살상을 개금할 때 불상 안에서 영조의 어의(御衣)가 나와 학계의 관심을 끌었고, 설화의 신빙성을 더해 주었다.

현존하는 당우로는 100여 평에 이르는 2층 누각인 진동루(鎭洞樓)가 대구광역시 문화재자료 제10호로 지정되어 있다. 대구시 유형문화재 7호인 원통전(圓通殿) 안에는 목조관음보살좌상이 보물 제992호로 지정되어 있다. 그 동쪽에 종무소로 사용되는 적묵당(寂默堂)은 대구광역시 문화재자료 제9호로 지정되어 있다. 서쪽에 설선당(說禪堂)은 대구광역시 문화재자료 제7호로서 口자형을 이루고 있다.

원통전 뒤쪽의 기영각은 대구광역시 문화재자료 제11호로 숙종·영조·정조 3대의 어필을 보관하고 있었기 때문에 어필각(御筆閣)이라고 불렸으나 지금은 어필이 전하지 않는다. 그 옆으로 산령각, 그리고 응향각(凝香閣)이 있으며, 응향각 동북쪽에는 미타전(彌陀殿)이 있다.

이 밖에도 이 절에는 법당 앞에 높이 2m의 8각 석등이 있고, 숙종의 하사품인 병풍 2개와 구슬 2개가 있으며, 절 서쪽 200m 지점에는 1648년(인조 26)에 세워진 원의(圓義), 1658년(효종 9)에 세워진 전명(傳明), 1701년(숙종 27)에 세워진 현응 등 세 대사의 부도와 비가 있다.

부속 암자로는 현니암(弦尼庵)·금당암(金堂庵)·성전암·칠성암(七星庵) 등이 있다. 이 중 성전암에는 조선시대의 것으로 보이는 현응의 영정과 벽화가 있다. 또한, 성전암은 경상북도의 3대 수도도량 중 하나로서 널리 각광을 받고 있다.